元朝是一个多民族的政权国家，使得元代的佛教具有民族多样性。但是，元朝统治者信奉的是藏传佛教，因此，藏传佛教仍旧处于上升时期。元世祖忽必烈在即位前就召请西藏地区的名僧八思巴东来，并从元受佛戒。年，忽必烈即位后，便仿照西夏，赐封八思巴为国师。后八思巴于年以国师身份兼领总制院，成为全国的佛教领袖和西藏地区最高军政长官。八思巴还奉命创制蒙古新文字，他用藏文字母拼蒙古语音，年，新文字造成。元世祖诏令全国实行。为了报答八思巴创字之功，元世祖于是封八思巴为“帝师大宝法王”，并赐玉印。从此，元代帝师制度确立。年，八思巴去世，元政府赐他谥号“皇八思巴像国师之印天之下、一人之上、宣布辅诏、大圣至德、普觉真智、佑国如意、大宝法王、西天佛子、大元帝师”，足见评价之高。忽必烈还令王磐撰文《帝师行状》以歌颂八思巴之功德，并下令建八思巴寺于北京，以示纪念。

八思巴见忽必烈元朝历代帝师均出自萨迦昆氏家族，采用叔侄相传、兄终弟及的传承制度。帝师制度作为一种宗教管理方式，在保证民族团结中起了重要作用，使得佛教超出了信仰的意义，成为中央和地方联系的枢纽，而共同的宗教信仰也促进了蒙、藏、汉各民族的融合和国家的统一。但帝师由于其特殊地位，也产生了一些负面效果。

教主道君皇帝

宋朝初年，道教十分盛行，皇帝也信奉道教，企图利用道教来神化自己，管治天下，因此，宋朝皇帝对道教的态度之好甚至超过了唐玄宗，尤其是北宋第八代皇帝宋徽宗赵佶对道教格外地关心。年左右，宋徽宗召见道士林灵素，林灵素为迎合徽宗，故意编造说，天分九霄，而神霄最高，神霄玉清府之主是上帝长子，是长生大帝君，而宋徽宗便是长生大帝下凡；另外，天上众多的仙官下凡协助帝君治理国家，林灵素也是其中之一；宋徽宗的爱妃是仙女九华玉真安妃的化身。宋徽宗听后，对道教迷信至极，赐林灵素为金门羽客，自己则自称“教主道君皇帝”，于是道教又成了国教。宋徽宗大力推行道教，在全国各地建立道观，为道士设立道场官职，建立道教学校等。更有甚者，年，宋徽宗断然废佛，将佛教的一切名称全部抹掉，而换以道教的称号。后来，靖康之难后，宋徽宗被金人掳走，成为阶下囚，他仍是穿着紫道袍，头戴逍遥巾，一副道士的打扮。

陈抟老祖

陈抟是五代宋初著名道士，字图南，号扶摇子，亳州真源（今安徽亳县）人。年轻时曾参加科举考试，但未成功，便隐居山水。陈抟学识渊博，著述颇丰，例如《高阳集》、《指玄篇》等，但多已亡佚。陈抟的主要贡献是他的易学新理论、新思路，陈抟易学的特点是从宇宙变化的角度解读易经，而不是从人伦秩序的角度。他的这一思路对宋代理学、道教影响重大。后来周敦颐、程颢、程颐、邵雍等无不受其影响，陈抟是易学史上继往开来的重要人物。在道教史上，陈抟是开宗的一代大师，当时宋代著名的道教学者多是陈抟的弟子，所以后世尊他为“陈抟老祖”。

全真道

全真道初创于金，因其始祖王重阳自题所居为“全真庵”而得。王重阳，原名中孚，字允卿，号重阳。王重阳早年习儒学、骑射。白云观后在终南山出家修道，弟子有马钰、谭处端。刘处玄、丘处机、王处一、郝大通、孙不二等。全真道虽由王重阳创立，但是将其发扬光大者却是丘处机。丘处机，字通密，号长春，山东栖霞人。岁入道，岁拜王重阳为师。年，元太祖成吉思汗遣使臣刘仲禄召请丘处机西上。丘处机审时度时，率领名弟子从莱州出发，行程万余里，来到西域大雪山谒见元太祖。丘处机以“一天下者，必在乎不嗜杀人”，劝告元太祖，受到元太祖礼遇，并奉命管理全真教。后到北京，住在白云观，开创传戒制度。后元统治者命丘处机掌管天下道教，免除道院和道士的一切赋税。这样，全真教得以迅速发展。在发展中，因不断侵占佛教寺院，引起僧人不满。在年的僧道辩论和年的再次辩论中，道士均以失败而告终，逐渐衰落。明朝建立后，全真教受到冷遇，代之而起的是正一教。

也里可温教是指元朝刚兴起时西域流行的基督教聂斯托利派和刚刚传入的天主教方济各会。元人当时称它们为十字教，蒙语是也里可温。